В первую очередь стали собирать восточные книги ученные из немецких университетов, которые работали в России в частности, Христиан Френ. Приехав в регион, где восточная и западная культура сосуществовали на территории одного города, немецкие профессора не только занялись прикладными исследованиями восточных языков, но и стали активно пополнять классическую университетскую библиотеку мусульманскими рукописями и книгами.
Позднее, в 30-40-е гг., археографические экспедиции принесли университету славу крупнейшего центра по собиранию и изучению восточных книжных памятников. Но, к сожалению, из-за действий попечителя сначала Казанского, а затем Санкт-Петербургского, учебных округов М.Н. Мусина-Пушкина, восточный разряд и его библиотека были отправлены в Санкт-Петербургский университет. 1 июля 1855 г. университет потерял ценное собрание рукописей и редких книг, что в университетском отчете звучало так: «Эта потеря – невозвратимая для Казанского университета!».
Возрождение собирания мусульманских книг было связано с именем профессора, отказавшегося переехать в Санкт-Петербург вместе с Восточным разрядом и посвятившего всю свою жизнь библиотеке университета. Иосиф Федорович Готвальд прибыл в Казань в 1849 г. и занял должность профессора арабского и персидского языков, которую до него занимал А.К. Казембек. Через несколько месяцев он стал библиотекарем университета и на протяжении почти полувека неизменно занимал этот очень ответственный и почетный пост. 10 мая 1897 года он передал 110 ценнейших восточных рукописей XIII-XVIII вв. в библиотеку. Этот дар воссоздал в университете востоковедческую библиотеку и был помещен в особое хранение.
Рукописи из его коллекции, в которых также было немало очень древних памятников письменности на самых разных восточных языках, составили 156 названий, и с учетом переданных ранее 110 единиц хранения в библиотеке оказалось более 250 восточных рукописей. Особо ценным книжным памятником из этого собрания является рукопись Абу Яхьи Закарии (Закарийи) ибн Мухаммеда ибн Махмуда аль-Казвини «‘Аджаиб ал-махлукат…» («О дивностях творений») XV в.(?). На 245 л. созданы миниатюры, передающие средневековые представления о мире и населяющем его созданиях - и реально существующих, и мифических.
В современное время в Казанский Университет поступило более 700 названий книг, крупнейшего арабиста - Анаса Бакиевича Халидова, которые он забрал с собой из Санкт-Петербурга при переезде в Казань. К сожалению, в библиотеку не были переданы рукописи А.Б. Халидова, где по различным свидетельствам находился начатый этим выдающимся ученым перевод Корана на татарский язык.